항암제는 급속히 분열하는 특징을 지닌 암세포를 찾아 파괴하는데, 암세포뿐 아니라 정상 세포에도 영향을 주기 때문에 부작용이 일어날 수 있습니다. 영향을 받는 것은 암세포처럼 빠르게 증식하는 정상 세포들, 즉 골수 세포라든지 구강에서 항문까지의 점막 세포, 모낭이나 생식기관 등의 세포입니다. 따라서 많은 용량의 항암제를 단번에 투여하지 않고 적정한 양을 반복해서 투여함으로써 정상 세포가 재생과 회복을 할 여지를 줍니다. 자주 사용되는 항암제들의 부작용으로는 백혈구‧혈소판‧적혈구 수의 감소, 오심과 구토, 식욕 저하, 탈모, 손발 저리는 현상 등이 있습니다. 그 외에도 약물에 따라 심장이나 콩팥, 방광, 폐, 그리고 신경계에도 손상을 줄 수 있습니다. 이런 대부분의 부작용은 항암제가 혈구 세포에 변화를 주면서 발생합니다. 항암치료 후 겪는 부작용은 약제마다 다르고 개인차도 큽니다. 한 번 겪은 부작용을 다음 치료 때에는 겪지 않을 수도 있습니다. 대부분의 부작용은 치료가 중단되고 건강한 세포들이 다시 정상적으로 성장하게 되면 점차 사라집니다. 구토는 가장 흔한 부작용 중 하나로, 심한 구토를 일으키는 항암제를 쓸 때는 항구토제를 같이 투여합니다.